Wirtualne Muzeum Kwidzyna obejmuje następujące działy: eksponaty, czytelnia, gabinet obrazu, kartografia, medioteka, wycieczki w teren, ludzie.

W dziale „czytelnia” umieszczono dokumenty, publikacje oraz plakaty i druki ulotne. Prezentowane materiały, dotyczące Kwidzyna, okolic i regionu, dostępne są jako pliki, opublikowane w formie pojedynczych jpg, czasem równolegle lub jedynie dostępne jako pdf.  W grupie „książki” znajdują się wydawnictwa polskie i niemieckojęzyczne z XIX i XX wieku. Grupa „czasopisma” zawiera publikacje periodyczne w języku polskim z niemieckim z XX wieku. W grupie „dokumenty” znajdują się materiały z XX wieku (niektóre skany dokumentów pochodzą ze zbioru archiwów państwowych). Grupa „druki ulotne plakaty” zawiera dwudziestowieczne materiały o charakterze dokumentacyjnym, informacyjnym, reklamowym i propagandowym. W dziale „kartografia” zaprezentowane są skany map Kwidzyna z XVIII i XIX wieku (oryginały znajdują się w Tajnym Państwowym Archiwum w Berlinie). W dziale „gabinet obrazu” znajduje się m.in. kilkaset skanów archiwalnych fotografii przedstawiających miasto i życie codzienne w Kwidzynie (zdjęcia oraz pocztówki). „Medioteka” to dział, w którym udostępniono filmy pochodzące z prywatnych kolekcji oraz materiały współczesne przygotowane specjalnie dla Wirtualnego Muzeum Kwidzyna. Dział ten podzielony jest na grupę materiałów filmowych (najstarsze pochodzą z 1966 roku) oraz audialnych. W dziale „eksponaty” dostępne są zdjęcia muzealiów – wśród zdjęć dokumentów życia społecznego i zabytkowych przedmiotów znajdują się tu również skany archiwalnych fotografii. 

W Wirtualnym Muzeum Kwidzyna udostępnione są zbiory pochodzące z różnych źródeł, w tym prywatnych, za wiedzą i pozwoleniem właścicieli. Witryna ma kilku partnerów, m.in. Archiwum Państwowe w Elblągu z siedzibą w Malborku, Archiwum Miejskie w Celle/Niemcy. Większość fotografii pochodzi z kolekcji prywatnych. Wszystkie materiały, zamieszczone na witrynie są opisane wraz z podaniem źródła, z którego pochodzą.