Na zbiory składają się archiwalia dotyczące działalności własnej fundacji oraz gromadzone od 1925 roku materiały na temat dziejów nauki polskiej: wykazy studentów i naukowców korzystających ze stypendiów Fundacji Kościuszkowskiej, korespondencja z ludźmi nauki, kultury i sztuki; wykazy i biografie prelegentów odwiedzających Fundację, biogramy wybitnych członków Fundacji, materiały dotyczące uroczystości rocznicowych; raporty finansowe i wykazy donatorów; katalogi wystaw, które odbyły się w Fundacji oraz programy koncertów muzycznych różnych artystów, organizowanych przez Fundację.

Ponadto fundacja w swoich zbiorach posiada: 20 map, ponad 440 fotografii oraz zbiory malarskie z XIX i XX wieku, udostępnione publiczności w Galerii Polskich Mistrzów. Wśród zgromadzonych obrazów znajdują się dzieła takich artystów jak: Teodor Axentowicz, Józef Chełmoński, Juliusz Kossak, Wojciech Kossak, Alfred Wierusz-Kowalski, Jacek Malczewski, Jan Matejko czy Leon Wyczółkowski.